Отважный ниндзя Киото по заданию главы своего ордена должен отправится в Темные земли и отыскать там древние артефакты. Вы в игре Ninja vs Zombies присоединитесь к нему в данном приключении. Вашему герою нужно будет пройтись через множество локаций и преодолеть различные опасности. По локациям бродят полчища зомби с которыми ваш герой должен будет сражаться. Вступая с ними в сражение герой будет использовать различного рода оружие. Уничтожая живых мертвецов вы будете зарабатывать очки, а так же сможете собирать трофеи, которые выпадут из них. На полученные очки вы сможете приобретать в игровом магазине для своего персонажа различное оружие и амуницию.