До сих пор Марио приходилось иметь дело только со злыми грибочками, улитками и прочими приспешниками его вечного врага Боузера. Но это лишь цветочки, по сравнению с тем, что ждёт его в Super Mario Commander. На Мир Марио неожиданно было совершено коварное нападение из космоса. Страшные и злобные существа, вооружённые до зубов устроили хаос в некогда мирном королевстве. Придётся Марио взять в руки серьёзное оружие и выступить в роли супер героя. А чтобы у него всё получилось, помогите водопроводчику освоить новую для себя роль. Необходимо очистить платформы от космических пиратов и снова вернуть мир на земли в Super Mario Commander.