Расследуя очередное дело, герой игры Mystery Subway Escape 2 — детектив Майкл, нашёл тайный вход на заброшенные станции метро. О них мало кто знает. Речь идёт не о технических туннелях, именно о станциях, которые когда-то были действующими, но по тем или иными причинам оказались закрытыми и невостребованными. Там осталось кое-какое оборудование, вещи и предметы, которые не выбросили потому, что могут ещё пригодиться. Именно там и наш герой будет искать улики, а затем выход, поскольку дверь, куда он вошёл, кто-то запер в Mystery Subway Escape 2.Видимо за ним следили и решили избавиться от дотошного сыщика.