Ниндзя долго обучался и наконец пришла пора использовать свои знания и навыки в Dark Ninja Hanjo. Сэнсей сообщил своему ученику, что он готов начать самостоятельную жизнь, но вместе с тем бывшему ученику было предложено выполнить очень важную миссию по восстановлению города. Миссия покажет, насколько герой подготовлен. Город поглощён тьмой, чтобы освободить его, придётся сразиться с демонами или с одержимыми воинами. Ниндзя сможет показать, на что он способен. Получите инструкции от учителя, на начальном этапе он будете сопровождать своего воспитанника, но далее нужно действовать самим в Dark Ninja Hanjo.
