Герой игры Murder Case Clue 3D — мальчик по имени Том, обожает детективы. Он перечитал всех произведения о Шерлоке Холмсе и Эркюле Пуаро и точно знает кем станет, когда вырастет. Парень давно мечтал расследовать настоящее преступление. Но кто же ему позволит, ведь он ещё подросток. Однако жизнь периодически преподносит сюрпризы. Когда друзья пригласили мальчика провести с ними уикенд в загородном домике, он и не подозревал, чем это может закончится. Приехав по указанному адресу и найдя нужный дом, герой обнаружил его пустым. Все друзья уехали давать показания в полицию, потому что в доме произошло убийство. Пока никого нет, мальчик решил расследовать происшествие. Никто не помешает ему поискать улики, а вы поможете поскорее установить истину в Murder Case Clue 3D.