Ниндзя только что вернулся с похода и решил навестить родной монастырь, где проходил обучение и своего любимого учителя, который дал ему огромный объём знаний и научил управлять своим телом и духом. Он застал монахов в унынии и большом расстройстве. Накануне на монастырь напали красные самураи и похитили коллекцию древних камней с рунами. Это священные камни, которые веками хранились в монастыре. Наш герой клятвенно обещал вернуть всё украденное и тут же отправился в путь. Помогите герою в Ninja Run выполнить его священную миссию. Ниндзя будете бежать, а вы поможете ему вовремя прыгать ферез преграды и через врагов, собирая камни.