Для сложных и ответственных задач, когда нельзя создавать лишнего шума, назначаются агенты, обладающие особыми умениями и навыками. Таковым в игре Stealth Master 3D является наш герой. Он старается не использовать стрелковое оружие, а обходится саблями, ножами, мечами , чтобы действовать бесшумно, не привлекая внимания. Перед каждым уровнем вы получите задание и должны его выполнить, чтобы получить новое. Агент такого уровня не должен ошибаться. Подкрадывайтесь в помещение, подходите к ничего не ведающему врагу и наносите удар. Если он повернётся и ваше герой окажется в зоне красного луча, миссия будет провалена в Stealth Master 3D.