Отважный ниндзя по имени Киото должен взобраться на крышу высокого здания. Вы в игре Ninja Up поможете персонажу в этом приключении. Перед вами на экране будет виден ваш ниндзя стоящий на земле. По сигналу ваш персонаж начнет совершать прыжки на определенную высоту. Вы с помощью мышки должны будете рисовать под ниндзя линию. Как только вы ее нарисуете, появится специальная резиновая веревка. Ваш герой упав на нее совершит прыжок и полетит вверх. Так рисуя данные веревки в игре Ninja Up вы постепенно и поможете герою взобраться на крышу здания. При этом по дороге вы должны будете помогать ниндзя собирать предметы, которые будут висеть в воздухе в различных местах игрового поля. За их подбор вам в игре Ninja Up будут давать очки.