Одна из колоний землян на отдаленной планете подверглась нашествию различных видов космических вредителей. Вы в игре Space Pest Annihilation должны будете помочь своему персонажу уничтожить всех вредителей. Перед вами на экране будет виден ваш персонаж облаченный в скафандр. Он будет находиться в определенной местности с оружием в руках. На расстоянии от него вы будете видеть червяков различных цветов. Вам нужно будет навести на них свое оружие и прицелиться. С помощью специальной шкалы расположенной слева вы должны будете рассчитать мощность своего выстрела и по готовности совершить его. Если вы правильно учли все параметры то заряд из оружия попадет в червяков и уничтожит их. За это вам в игре Space Pest Annihilation дадут определенное количество очков и вы перейдете на следующий уровень игры.