Однажды утром Марио проснулся от того, что ему что-то мешало лежать на спине. Обнаружив какие-то наросты, он порядком испугался и от страха мгновенно пришёл в себя и побежал к зеркалу, чтобы посмотреть. Что там появилось за спиной. Увидев небольшие крылья, герой опешил и даже поначалу расстроился в Flappy Mario. Но затем поразмыслив, решил, что умение летать даст ему массу преимуществ. Ему больше не придётся заботиться о транспорте, он может преодолеть путь по воздуху гораздо быстрее, чем на мотоцикле или машине. Осталось лишь научиться летать и в этом вы ему поможете, войдя в игру Flappy Mario.