В древней Японии постоянно шла война между двумя кастами воинов - самураями и ниндзя. Вы в игре Ninja Runner будете сражаться на стороне ордена ниндзей. Ваш персонаж получил задание от главы ордена приказ произвести разведку в одно лесу, где могут скрываться отряды самураев. Ваш герой отважно углубился в лес и побежал по тропинке. На пути его будут поджидать множество опасностей и ловушек. Вы управляя вашим персонажем должны будете заставлять его прыгать и не попадать в эти ловушки. Если вам попадутся солдаты противника вы с помощью меча должны будете всех их уничтожить. Так же собирайте различные предметы, которые попадутся ему на его пути.
